W Jankowej Żagańskiej zbiegają się trzy szlaki kolejowe. Historycznie miejscowość jest najstarszym węzłem kolejowym w naszej okolicy. Jak to się stało? Plany budowy linii kolejowej łączącej Wrocław z Berlinem ominęły Żagań, Szprotawę, Głogów. Dlatego zaczęto poszukiwać rozwiązania, które doprowadzi do połączenia koleją tych miast.
Istniejąca spółka Kolei Dolnośląska Kolej Boczna podjęła starania i w 1843 uzyskała koncesję na budowę tzw. Odnogi Dolnośląskiej. Umożliwiła ona połączenie Głogowa, Szprotawy, Żagania drogą kolejową z magistralą Wrocław – Berlin. Na stację węzłową wyznaczono wieś Jankowę Żagańską, która już wtedy była przygotowywana jako stacyjka przy magistrali Wrocław – Berlin. Dlaczego nie wyznaczono stacji węzłowej w Żarach, trudno do dziś wyjaśnić. Być może chodziło o zbyt duże koszty budowy związane z istnieniem Wzniesień Żarskich (konieczność budowy licznych wiaduktów, nasypów itd).
W 1846 roku otwarto połączenia Wrocław – Berlin oraz Jankowa Żagańska – Głogów. Tym samym w Jankowej usytuowano pierwszy węzeł kolejowy w okolicach Szprotawy. Towarzystwa wybudowały prawdopodobnie osobne budynki dworcowe. Obecny dworzec kolejowy był prawdopodobnie pierwotnym dworcem Odnogi do Głogowa, zaś budynek na południe od niego był prawdopodobnie dworcem kolei Wrocław – Berlin. Jest to jednak jak na razie niepotwierdzona hipoteza. W 1895 roku doprowadzono kolejne połączenie tym razem o charakterze lokalnym, które prowadziło do Przewozu. W ten sposób pod koniec XIX wieku w Jankowej Żagańskiej zbiegały się trzy linie kolejowe.
Zamknięcie połączeń osobowych nastąpiło stopniowo. Najpierw zlikwidowano ruch osobowy w kierunku Przewozu. Potem zdecydowano o likwidacji przewozów pasażerksich w kierunku Żagania. W 2002 na zlikwidowano ruch osobowy na odcinku Żary – Węgliniec.
Po okresie likwidacji na szczęscie przyszedł czas na wznawianie. Od 10 grudnia 2006 roku ponownie uruchomiono szynobusowe kursy z Węglińca do Żar i Zielonej Góry. Oprócz ruchu osobowego stacja słyży do rozrządu ruchu towarowego. Część pociągów kursuje skrótem do Żagania, część przez Żary.
Szlak Węgliniec – Żary (linia nr 282 Miłkowice – Jasień) przebiega w linii prostej z północy na południe w centralnej części stacji, perony zlokalizowano po lewej stronie dworca (patrząc w kierunku północnym). Bardziej w lewo znajdują się torowiska linii do Przewozu, które najpierw biegną wspólnie z torem do Żar i następnie odbijają na północny – wschód. Torowisko w kierunku Żagania przebiega po prawej stronie dworca, by potem za stacją odbijać łukiem w kierunku północno – wschodnim (tu też rozpoczyna się linia Jankowa Żagańska – Żagań). Tak więc dworzec ma charakter wyspowy. Rozjazdy łączące linie są zlokalizowane na południe od dworca (wspólny posterunek dla wszystkich linii).
Przy drodze przez miejscowość (na północ od dworca) znajdował się kiedyś strzeżony przejazd kolejowy, zabezpieczony szlabanami. Posterunek dróżnika spalił się w 2002 roku i został rozebrany. W wyniku tych wydarzeń przez pewien czas przejazd był niestrzeżony. W 2006 roku zainstalowano kamery przy przejezdzie oraz sygnalizację i szlabany.
Wieża wodna ze wskaźnikiem poziomu wody jest zlokalizowana na zachód od torowisk do Przewozu i Żar. Tuż obok niej magazyn towarowy. W środku zachowany poniemiecki napis. Obecnie torowisko do Przewozu jest nieczynne. Planuje się wznowienie połączeń szynobusowych na szlaku Żary – Węgliniec.